Het Vlaamse Kruis werd opgericht in 1927. De voorbije oorlog verduidelijkte de nood aan degelijke medische verzorging en het verlangen naar de Vlaamse taal als communicatiemiddel. Het Vlaamse Kruis werd opgericht om aan deze wensen tegemoet te komen.

Prof. dr F. Daels en dr A. Depage hadden al eerder met de idee gespeeld om een Vlaamse vereniging -actief in de gezondheidszorg- op te richten. Op 20 oktober 1927 werd de vereniging "Het Vlaamsche Kruis" opgericht. Dr J. Laureys werd de eerste algemeen voorzitter; E. Ilegems werd algemeen secretaris en L. Augusteyns werd algemeen schatbewaarder.

Al van bij haar oprichting kon Het Vlaamse Kruis aan de slag. Immers eind november 1928 begaven de Scheldedijken te Dendermonde. Als eersten waren de Vlaamse-Kruisvrijwilligers ter plaatse en boden ze hulp aan de bevolking met een ingerichte hulppost en ingezamelde goederen. Hetzelfde herhaalde zich bij de volgende overstromingen. In 1929 verscheen het eerste handboek van dr. J. Laureys over eerste hulp. Het werd een groot succes met vele herdrukken en ook het onderwijs gebruikte het. Naast cursussen voor EHBO werden ook lessen gegeven in volkshygiëne.

Op de vooravond van Wereldoorlog II telde de vereniging een honderdtal afdelingen en genoot waardering en subsidies van gemeenten en provincies. Het algemeen secretariaat was gevestigd te Antwerpen en naast een bibliothecaris waren er enkele bedienden in dienst. Men telde meer dan 5 000 leden. Tijdens de oorlog werd massaal hulp geboden aan de burgerbevolking zowel tijdens de meidagen 1940 als tijdens de bombardementen van de geallieerden als bij de VI-bommen van de Duitsers.

Tijdens de bezetting voerde de organisatie een neutrale koers en nam op geen enkel gebied deel aan enige vorm van collaboratie.
Echter, bij de bevrijding werd Het Vlaamse Kruis ten onrechte in een slecht daglicht gesteld.
In de meeste afdelingen geraakten vele bestuursleden al dan niet verwikkeld in de repressie. Mensen werden afgeschrikt door het woord "Vlaamse". Het ledenaantal slonk, subsidies vielen weg, bedienden moesten afgedankt worden. Een aantal afdelingen hielden stand, vooral in het Antwerpse, waar men toch goede herinneringen had aan de enorme inzet en hulp van Het Vlaamse Kruis bij de VI-bommen.
Zo startte men in 1948 te Antwerpen een ambulancedienst voor secundair ziekenvervoer met zeer sociale prijzen.
Bij de overstromingen van Ruisbroek in 1976 was Het Vlaamse Kruis ook weer present met een hulppost.

Na de verhuis van het Algemeen Secretariaat van Antwerpen naar Leuven, waar Prof. dr G. Stalpaert algemeen voorzitter werd, vestigde de vereniging zich te Gent en werd dr J. Daels algemeen voorzitter. 
In 1982 werd de EHBO-commissie terug opgestart. Een nieuw leerboek van eerstehulpdiensten zag het daglicht. Voor de praktische oefeningen van de cursisten werd een dienst opgericht: VENUS (Vereniging voor Enscenering, Nabootsing en Uitbeelding van Slachtoffers). 
In 2007 verhuisde het Algemeen Secretariaat naar Mechelen. 

Het Vlaamse Kruis werd in 2011 erkend als landelijk gespecialiseerde vormingsinstelling, kreeg eveneens in 2011 de erkenning als vrijwilligersorganisatie. Sinds 2013 werkt de vereniging voor een aantal campagnes nauw samen met het Ministerie van de Vlaamse Gemeenschap – Departement Welzijn, Volksgezondheid en Gezin.

De vereniging verwierf door de jaren heen een eigen uitstraling en uniformiteit. Het aanbod aan kaderopleidingen werd uitgebreid. Via eigen publicaties van cursussen en tijdschrift was de vereniging telkens mee met nieuwe ontwikkelingen op het vlak van eerstehulpverlening. 
Hiermee is Het Vlaamse Kruis met recht en reden de op-een-na-grootste kruisvereniging van het land. Of met andere woorden: de "andere" kruisvereniging - sinds 1927.